UCSF Chimera是一款专业的分子结构分析模拟软件，这款软件主要用于分子结构和相关数据的交互式可视化和分析。UCSF Chimera可以帮助科研人员生成高质量的分子图像和动画，软件提供了密度图,超分子组合,顺序排列,对接结果,轨迹和构象ensemble等功能，推荐有需要的用户下载使用。

主要功能：

1、强大的轴、平面和质心功能，轴可以表示为圆柱体，平面表示为圆盘，质心表示为球体，这些都可以用于距离和角度测量。
2、体积数据:可以显示三维电子和光学显微镜数据、x射线密度图、静电势和其他体积数据。
3、b因子着色:可以对结构着色以显示属性值
4、筛选分子对接
5、通过保护着色
6、卷平面显示
7、旋转异构体

UCSF Chimera教程：

Side View允许交互式的缩放 (zooming)和clipping. 它显示了一个结构的微缩版本。在Side View中,试着用鼠标左键移动眼睛位置(小正方形)和clipping 平面(竖直线)。Side View会在移动后使之重新正常化。结果使得眼睛或者 clipping plane 位置可能看起来 "弹回去了," 但是你的调整已经生效了。

试着在窗口中用鼠标移动结构. 默认情况下,左键按钮控制旋转,鼠标中建控制XY平面平移。按照本教程需要,在图形窗口和Side View中用鼠标连续移动和缩放结构。

把鼠标光标停在一个原子或者键上面(不要点击任何键),将会在一个冒出的“气球”中显示标识信息,当光标移走后,气球就会消失。

在Chimera中, selection指定原子、键、残基等等.用于在动作菜单(Actions menu)中接下来的操作。selection的方法包括使用Select menu或者从屏幕中选取。Actions menu应用于选择的部分,但是当什么都不选择时, Actions menu应用于所有原子。

隐藏水分子(红点):

Select... Structure... solvent

Actions... Atoms/Bonds... hide

另外一种选择水分子的方法,使用Select... Residue... HOH. 即使水分子被隐藏,其实仍旧被选定。

取消选择,只显示主链轮廓(chain trace)

Select... Clear Selection

Actions... Atoms/Bonds... backbone only... chain trace

链的轮廓只包括α-碳原子 (原子名称: CA), 以残基连接相同的方式连接。

默认情况下, 当按下Ctrl键,同时用鼠标左键点击你感兴趣的原子或者键。要添加到已经存在的选择,需要同时按下Shift键。试着选择两个原子,每一个来自不同肽链(首先,ctrl-点击第一个,然后, Ctrl-Shift-点击第二个). 选择的原子用绿色标记。其内容会在主窗口的右下角的按钮上报告。

标记你已经选择的原子。首先用原子名称,然后用残基名称和序号。

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